Пресс-центр / новости / Наука /

Вычислительные методы в биокатализе в основном сосредоточены на инженерии каталитических матриц, тогда как поиск наиболее реакционноспособных субстратов для конкретного катализатора остается значительно менее представленным направлением. Сотрудники ГНЦ ИБХ РАН совместно с российскими и зарубежными коллегами разработали модульную платформу Subdate для эффективного поиска наиболее реакционноспособных субстратов.

Количественно воспроизводя экспериментально наблюдаемый барьер активации, подход на основе ab initio метадинамики и анализа топологии электронной плотности молекулы формирует теоретическую основу для быстрого прогнозирования каталитически активных субстратов в обширных химических библиотеках. Обычная стратегия прямого стохастического анализа библиотек субстратов требует значительных вычислительных и временных ресурсов.

Разработанный вычислительный протокол Subdate (см. рис 1) реализует стратегию предварительной кластеризации соединений в библиотеке, опираясь на ключевые параметры электронной плотности в критических точках катализируемых связей, что позволяет эффективно исследовать библиотеки соединений, концентрируя вычислительные ресурсы на наиболее перспективных группах соединений. Работа опубликована в журнале PNAS.

18 июня